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研究人员首先选择一条生物通路,绘制所有蛋白质相互作用的图表。确定了所有的蛋白质相互作用之后,使用符合质量作用定律的动力学来描述系统中反应的速率。质量作用定律动力学将提供微分方程,把生物系统模拟成一个数学模型,其中微分方程的参数可以由实验来确定。这些参数值将是系统中每对蛋白质相互作用的反应速率。这个模型决定了生物系统中主要蛋白质的行为,并且为理解单个蛋白质的特殊行为提供了新的视角。有时候不可能收集一个系统的所有反应速率。可以通过模拟已知参数的模型并且提供可能参数值的目标行为,来确定未知的反应速率。
 
研究人员首先选择一条生物通路,绘制所有蛋白质相互作用的图表。确定了所有的蛋白质相互作用之后,使用符合质量作用定律的动力学来描述系统中反应的速率。质量作用定律动力学将提供微分方程,把生物系统模拟成一个数学模型,其中微分方程的参数可以由实验来确定。这些参数值将是系统中每对蛋白质相互作用的反应速率。这个模型决定了生物系统中主要蛋白质的行为,并且为理解单个蛋白质的特殊行为提供了新的视角。有时候不可能收集一个系统的所有反应速率。可以通过模拟已知参数的模型并且提供可能参数值的目标行为,来确定未知的反应速率。
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  --[[用户:CecileLi|CecileLi]]([[用户讨论:CecileLi|讨论]])  【审校】“有时候不可能收集一个系统的所有反应速率。”一句改为“当不能够收集一整个系统的所有反应速率时,”
    
[[File:Toy_Model_Plot.jpg|thumb|325x325px|Plot of Concentrations vs time for the simple three protein negative feedback loop. All parameters are set to either 0 or 1 for initial conditions. The reaction is allowed to proceed until it hits equilibrium. This plot is of the change in each protein over time.]]
 
[[File:Toy_Model_Plot.jpg|thumb|325x325px|Plot of Concentrations vs time for the simple three protein negative feedback loop. All parameters are set to either 0 or 1 for initial conditions. The reaction is allowed to proceed until it hits equilibrium. This plot is of the change in each protein over time.]]
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