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复杂系统生物学 (查看源代码)

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<font color="#ff8000"> 复杂系统生物学(Complex system biology, CSB)</font>是数学和理论生物学的一个分支或子领域，研究生物有机体结构和功能的复杂性，以及生物和物种的出现与进化，重点研究生物网络及其内部的复杂相互作用，以及对生命至关重要的基本关系和关系模式。因此，CBS是一个理论科学领域，旨在发现和建模生命所必需的关系模式，它只与复杂系统理论有部分重叠，也与生物学的系统方法称为系统生物学;这是因为后者主要局限于生物组织和有机体的简化模型，以及对与生物学复杂性相关的哲学或语义问题的一般性考虑。此外，广泛的抽象理论复杂系统被作为应用数学的一个领域进行研究，无论其是否与生物学、化学或物理相关。
 
<font color="#ff8000"> 复杂系统生物学(Complex system biology, CSB)</font>是数学和理论生物学的一个分支或子领域，研究生物有机体结构和功能的复杂性，以及生物和物种的出现与进化，重点研究生物网络及其内部的复杂相互作用，以及对生命至关重要的基本关系和关系模式。因此，CBS是一个理论科学领域，旨在发现和建模生命所必需的关系模式，它只与复杂系统理论有部分重叠，也与生物学的系统方法称为系统生物学;这是因为后者主要局限于生物组织和有机体的简化模型，以及对与生物学复杂性相关的哲学或语义问题的一般性考虑。此外，广泛的抽象理论复杂系统被作为应用数学的一个领域进行研究，无论其是否与生物学、化学或物理相关。
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   --[[用户:Ebteddy|Ebteddy]  ([[用户讨论:Ebteddy:|讨论]])  【审校】“以及对生命至关重要的基本关系和关系模式”改为“以及生命所必须的基本关系与关系模式”
 
   --[[用户:Ebteddy|Ebteddy]  ([[用户讨论:Ebteddy:|讨论]])  【审校】“以及对生命至关重要的基本关系和关系模式”改为“以及生命所必须的基本关系与关系模式”
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  --[[用户:Ebteddy|Ebteddy]  ([[用户讨论:Ebteddy:|讨论]])  【审校】“它只与复杂系统理论有部分重叠，也与生物学的系统方法称为系统生物学”改为“它与复杂系统理论以及被称为系统生物学的系统生物学方法只有部分重叠”
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大多数复杂系统模型通常是根据统计物理学、信息论和非线性动力学的概念来制定的;然而，这些方法并不关注或不包括与组织、拓扑属性或代数拓扑有关的复杂性的概念部分，如非常重要的基因组、交互体和生物有机体的网络连通性。近年来，以信息论、网络拓扑/抽象图论概念为基础的两种互补方法在神经科学和人类认知领域得到了结合。人们普遍认为，组织的复杂程度存在一种层次结构，应与本体论的现实层次相区别。生物圈的复杂层次结构在现代分类等级分类中也得到承认，例如:生物领域和生物圈、生物界、门、生物纲、目、科、属和种。由于生物体具有动态性和组成的可变性、内在的“模糊性”、自生属性、自我繁殖的能力等等，生物体不符合一般系统的“标准”定义，因此它们在功能和结构上都是“超级复杂”的;因此，在CSB中，生物体只能被定义为简单动态系统的“元系统”。这样一个有机体、物种、“生态系统”等等的元系统定义，并不等同于Autopoietic系统理论中对系统中的系统的定义。它也不同于k·d·帕尔默在元系统工程中提出的定义，即生物体不同于具有固定输入输出转换函数的机器和自动机，或不同于具有固定相空间的连续动力系统，这与笛卡尔哲学思想相反;因此，尽管“非确定性自动机”和“模糊自动机”也被定义了，但生物体不能仅仅用五组a(状态、启动状态、输入和输出集/字母、转换函数)来定义。然而，棋盘自动机（tessellation automata）或元胞自动机（cellular automata）提供了一种直观的、可视化的/计算的视角来洞察较低层次的复杂性，因此已经成为一种越来越流行的离散模型，研究领域包括可计算理论、应用数学、物理、计算机科学、理论生物学/系统生物学、癌症模拟和微观结构建模。利用遗传算法实现元胞自动机也是一个新兴的领域，试图在CSB中填补棋盘自动机与更高层次复杂性方法之间的空白。
 
大多数复杂系统模型通常是根据统计物理学、信息论和非线性动力学的概念来制定的;然而，这些方法并不关注或不包括与组织、拓扑属性或代数拓扑有关的复杂性的概念部分，如非常重要的基因组、交互体和生物有机体的网络连通性。近年来，以信息论、网络拓扑/抽象图论概念为基础的两种互补方法在神经科学和人类认知领域得到了结合。人们普遍认为，组织的复杂程度存在一种层次结构，应与本体论的现实层次相区别。生物圈的复杂层次结构在现代分类等级分类中也得到承认，例如:生物领域和生物圈、生物界、门、生物纲、目、科、属和种。由于生物体具有动态性和组成的可变性、内在的“模糊性”、自生属性、自我繁殖的能力等等，生物体不符合一般系统的“标准”定义，因此它们在功能和结构上都是“超级复杂”的;因此，在CSB中，生物体只能被定义为简单动态系统的“元系统”。这样一个有机体、物种、“生态系统”等等的元系统定义，并不等同于Autopoietic系统理论中对系统中的系统的定义。它也不同于k·d·帕尔默在元系统工程中提出的定义，即生物体不同于具有固定输入输出转换函数的机器和自动机，或不同于具有固定相空间的连续动力系统，这与笛卡尔哲学思想相反;因此，尽管“非确定性自动机”和“模糊自动机”也被定义了，但生物体不能仅仅用五组a(状态、启动状态、输入和输出集/字母、转换函数)来定义。然而，棋盘自动机（tessellation automata）或元胞自动机（cellular automata）提供了一种直观的、可视化的/计算的视角来洞察较低层次的复杂性，因此已经成为一种越来越流行的离散模型，研究领域包括可计算理论、应用数学、物理、计算机科学、理论生物学/系统生物学、癌症模拟和微观结构建模。利用遗传算法实现元胞自动机也是一个新兴的领域，试图在CSB中填补棋盘自动机与更高层次复杂性方法之间的空白。
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  --[[用户:Ebteddy|Ebteddy]  ([[用户讨论:Ebteddy:|讨论]])  【审校】“k·d·帕尔默”改为“K·D·帕尔默”
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  --[[用户:Ebteddy|Ebteddy]  ([[用户讨论:Ebteddy:|讨论]])  【审校】“生物体只能被定义为简单动态系统的“元系统””改为“生物体只能被定义为一种简单动态系统，“元系统””
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  --[[用户:Ebteddy|Ebteddy]  ([[用户讨论:Ebteddy:|讨论]])  【审校】“并不等同于Autopoietic系统理论“改为”并不等同于自生系统理论“
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  --[[用户:Ebteddy|Ebteddy]  ([[用户讨论:Ebteddy:|讨论]])  【审校】“利用遗传算法实现元胞自动机也是一个新兴的领域，试图在CSB中填补棋盘自动机与更高层次复杂性方法之间的空白。”修改为“利用遗传算法实现元胞自动机是一个桥接棋盘自动机和CSB中的高层次复杂性方法之间差距的新兴领域。”
 
of taxonomic ranks, such as: [[domain (biology)|biological domain]] and biosphere, [[Kingdom (biology)|biological kingdom]], [[Phylum]], [[Class (biology)|biological class]], [[Order (biology)|order]], [[Family (biology)|family]], [[genus]] and [[species]]. Because of their dynamic and composition variability, intrinsic "fuzziness",  autopoietic attributes, ability to self-reproduce, and so on, organisms do not fit into the 'standard' definition of general systems, and they are therefore 'super-complex' in both their function and structure; organisms can be thus be defined in CSB only as '[[meta-system]]s' of simpler dynamic systems<ref name="springerlink" /><ref>[http://pespmc1.vub.ac.be/MST.html Metasystem Transition Theory], [[Valentin Turchin]], [[Cliff Joslyn]], 1993-1997</ref> Such a meta-system definition of organisms, species, 'ecosystems', and so on, is  not equivalent to the definition of a ''system of systems'' as in [[Autopoiesis|Autopoietic System]]s Theory,;<ref>[http://archonic.net Reflexive Autopoietic Systems Theory]</ref> it also differs from the definition proposed for example by K.D. Palmer in meta-system engineering,<ref>[http://archonic.net/incosewg/ppframe.htm Meta-system Engineering], Kent D. Palmer, 1996</ref> organisms being quite different from machines and [[Automata theory|automata]] with fixed input-output transition functions, or a continuous [[dynamical system]] with fixed [[phase space]],<ref>Hoff, M.A., Roggia, K.G., Menezes, P.B.:(2004). Composition of Transformations: A
 
of taxonomic ranks, such as: [[domain (biology)|biological domain]] and biosphere, [[Kingdom (biology)|biological kingdom]], [[Phylum]], [[Class (biology)|biological class]], [[Order (biology)|order]], [[Family (biology)|family]], [[genus]] and [[species]]. Because of their dynamic and composition variability, intrinsic "fuzziness",  autopoietic attributes, ability to self-reproduce, and so on, organisms do not fit into the 'standard' definition of general systems, and they are therefore 'super-complex' in both their function and structure; organisms can be thus be defined in CSB only as '[[meta-system]]s' of simpler dynamic systems<ref name="springerlink" /><ref>[http://pespmc1.vub.ac.be/MST.html Metasystem Transition Theory], [[Valentin Turchin]], [[Cliff Joslyn]], 1993-1997</ref> Such a meta-system definition of organisms, species, 'ecosystems', and so on, is  not equivalent to the definition of a ''system of systems'' as in [[Autopoiesis|Autopoietic System]]s Theory,;<ref>[http://archonic.net Reflexive Autopoietic Systems Theory]</ref> it also differs from the definition proposed for example by K.D. Palmer in meta-system engineering,<ref>[http://archonic.net/incosewg/ppframe.htm Meta-system Engineering], Kent D. Palmer, 1996</ref> organisms being quite different from machines and [[Automata theory|automata]] with fixed input-output transition functions, or a continuous [[dynamical system]] with fixed [[phase space]],<ref>Hoff, M.A., Roggia, K.G., Menezes, P.B.:(2004). Composition of Transformations: A
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* [[Organism]]s and [[species]] relations and evolution
 
* [[Organism]]s and [[species]] relations and evolution
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生物与物种的关系与进化
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生物与物种的关系与进化
 
* [[Intertidal ecology|Interactions among Species]]
 
* [[Intertidal ecology|Interactions among Species]]
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物种间的相互作用
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物种间的相互作用
 
* [[Evolution]] theories and [[population genetics]]
 
* [[Evolution]] theories and [[population genetics]]
 
进化论和种群遗传学
 
进化论和种群遗传学
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2007年
 
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分子系统生物学
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Ebteddy
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取自“https://wiki.swarma.org/index.php/特殊:移动版差异/13995”

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