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作为一系列用于进行研究的操作方案，即一个由理论、分析或计算模型组成的循环，系统生物学提出关于生物系统的具体可检验的假设，接着进行实验验证，然后使用新获得的细胞或细胞过程的定量描述来优化计算模型或理论。由于目标是一个系统中相互作用的模型，所以最适合系统生物学的实验技术就是那些全系统范围的、尽可能完整的实验技术。因此，转录组学、代谢组学、蛋白质组学和高通量技术被用来收集定量数据，从而用于模型的建立和验证。<ref name="kholodenko05" /> Since the objective is a model of the interactions in a system, the experimental techniques that most suit systems biology are those that are system-wide and attempt to be as complete as possible. Therefore, [[transcriptomics]], [[metabolomics]], [[proteomics]] and [[High-throughput screening|high-throughput techniques]] are used to collect quantitative data for the construction and validation of models.<ref name=Romualdi09 />

作为一系列用于进行研究的操作方案，即一个由理论、分析或计算模型组成的循环，系统生物学提出关于生物系统的具体可检验的假设，接着进行实验验证，然后使用新获得的细胞或细胞过程的定量描述来优化计算模型或理论。由于目标是一个系统中相互作用的模型，所以最适合系统生物学的实验技术就是那些全系统范围的、尽可能完整的实验技术。因此，转录组学、代谢组学、蛋白质组学和高通量技术被用来收集定量数据，从而用于模型的建立和验证。<ref name="kholodenko05" /> <ref name=Romualdi09 />