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然而，20世纪90年代功能基因组学的诞生意味着人们可以得到大量高质量的数据，同时计算能力爆炸式增长，使得更真实的模型成为可能。1992年至1994年，曾斌撰写系列文章《论人体的全息模型》 ，第一届全国比较研究会议研究中医和西医，医学和哲学，1992年4月(“系统医学和药理学”称)。《转基因动物表达系统-转基因卵子计划》关于转基因动物的交流，第1卷，第11期，1994(关于系统遗传学和术语杜撰的概念)。曾斌，《自我组织结构理论》，《转基因动物的交流》,曾斌于1996年在中国出版了《系统医学、系统遗传学和系统生物工程》 ，并在北京举行的第一届国际转基因动物会议上作了关于生物系统理论和系统方法研究的演讲。1997年，富田正丸小组发表了第一个关于整个(假设的)细胞新陈代谢的定量模型。

然而，20世纪90年代功能基因组学的诞生意味着人们可以得到大量高质量的数据，同时计算能力爆炸式增长，使得更真实的模型成为可能。1992年至1994年，曾斌撰写系列文章《论人体的全息模型》 ，第一届全国比较研究会议研究中医和西医，医学和哲学，1992年4月（“系统医学和药理学”称）。《转基因动物表达系统-转基因卵子计划》关于转基因动物的交流，第1卷，第11期，1994（关于系统遗传学和术语杜撰的概念）。曾斌，《自我组织结构理论》，《转基因动物的交流》,曾斌于1996年在中国出版了《系统医学、系统遗传学和系统生物工程》 ，并在北京举行的第一届国际转基因动物会议上作了关于生物系统理论和系统方法研究的演讲。1997年，富田正丸小组发表了第一个关于整个(假设的)细胞新陈代谢的定量模型。

2000年左右，在西雅图和东京建立了系统生物学研究所之后，由于各种基因组项目的完成、组学(如基因组学和蛋白质组学)数据的大量增加以及随之而来的高通量实验和生物信息学的进展，系统生物学作为一项独立的运动而涌现出来。不久之后，第一个完全致力于系统生物学的院系成立了(例如，哈佛医学院的系统生物学系)<ref>{{cite web|title=HMS launches new department to study systems biology|url=https://news.harvard.edu/gazette/story/2003/09/hms-launches-new-department-to-study-systems-biology/|publisher=Harvard Gazette|date=September 23, 2003}}</ref>。

2000年左右，在西雅图和东京建立了系统生物学研究所之后，由于各种基因组项目的完成、组学（如基因组学和蛋白质组学）数据的大量增加以及随之而来的高通量实验和生物信息学的进展，系统生物学作为一项独立的运动而涌现出来。不久之后，第一个完全致力于系统生物学的院系成立了（例如，哈佛医学院的系统生物学系）<ref>{{cite web|title=HMS launches new department to study systems biology|url=https://news.harvard.edu/gazette/story/2003/09/hms-launches-new-department-to-study-systems-biology/|publisher=Harvard Gazette|date=September 23, 2003}}</ref>。