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随着1990年StarLogo、1990 年代中期的[https://en.wikipedia.org/wiki/Swarm_(simulation) Swarm]和[https://en.wikipedia.org/wiki/NetLogo NetLogo]以及2000年[https://en.wikipedia.org/wiki/Repast_(modeling_toolkit) RePast]和[https://en.wikipedia.org/wiki/AnyLogic AnyLogic]的出现，或者2007年GAMA 以及一些定制设计的代码的出现，建模软件开始广泛使用，广泛应用ABM的领域的数量在增长。Bonabeau（2002）对当时基于主体的建模的潜力进行了很好的调查。
随着1990年StarLogo、1990 年代中期的[https://en.wikipedia.org/wiki/Swarm_(simulation) Swarm]和[https://en.wikipedia.org/wiki/NetLogo NetLogo]以及2000年[https://en.wikipedia.org/wiki/Repast_(modeling_toolkit) RePast]和[https://en.wikipedia.org/wiki/AnyLogic AnyLogic]的出现，或者2007年GAMA 以及一些定制设计的代码的出现，建模软件开始广泛使用，广泛应用ABM的领域的数量在增长。Bonabeau（2002）对当时基于主体的建模的潜力进行了很好的调查。
1990年代，ABM在社会科学领域的发展尤为显著，其中一项值得注意的工作是由[https://en.wikipedia.org/wiki/Joshua_M._Epstein Joshua M. Epstein]和[https://en.wikipedia.org/wiki/Robert_Axtell Robert Axtell]共同开发的大规模ABM：[https://en.wikipedia.org/wiki/Sugarscape Sugarscape]， 用于模拟和探索季节性迁徙等群体现象、污染、性繁殖、战斗、疾病甚至文化的传播。1990年代的其他显著发展包括[https://en.wikipedia.org/wiki/Carnegie_Mellon_University 卡内基·梅隆大学]（Carnegie Mellon University）的[https://en.wikipedia.org/wiki/Kathleen_Carley 凯瑟琳·卡利]（Kathleen Carley） ABM，用于探索社会网络和文化的共同发展。在1990年代，[https://en.wikipedia.org/wiki/Nigel_Gilbert 奈杰尔·吉尔伯特]（Nigel Gilbert）出版了第一本教科书：《社会模拟：社会科学家的模拟》（1999年），并创立了社会科学期刊：[https://en.wikipedia.org/wiki/Journal_of_Artificial_Societies_and_Social_Simulation 《人工社会与社会模拟杂志》]（JASSS）。除了JASSS之外，任何科学的基于主体的模型都囊括在SpringerOpen杂志：[https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Complex_Adaptive_Systems_Modeling&action=edit&redlink=1 复杂自适应系统建模]（CASM）的范围内。
1990年代，ABM在社会科学领域的发展尤为显著，其中一项值得注意的工作是由[https://en.wikipedia.org/wiki/Joshua_M._Epstein Joshua M. Epstein]和[https://en.wikipedia.org/wiki/Robert_Axtell Robert Axtell]共同开发的大规模ABM：[https://en.wikipedia.org/wiki/Sugarscape Sugarscape]， 用于模拟和探索季节性迁徙等群体现象、污染、性繁殖、战斗、疾病甚至文化的传播<ref name="GAS">{{cite book |first1=Joshua M. |last1=Epstein |authorlink1=Joshua M. Epstein |first2=Robert |last2=Axtell |authorlink2=Robert Axtell |title=Growing artificial societies: social science from the bottom up |publisher=Brookings Institution Press |date=October 11, 1996 |pages=[https://archive.org/details/growingartificia00epst/page/224 224] |isbn=978-0-262-55025-3 |url-access=registration |url=https://archive.org/details/growingartificia00epst/page/224 }}</ref>。1990年代的其他显著发展包括[https://en.wikipedia.org/wiki/Carnegie_Mellon_University 卡内基·梅隆大学]（Carnegie Mellon University）的[https://en.wikipedia.org/wiki/Kathleen_Carley 凯瑟琳·卡利]（Kathleen Carley） ABM<ref>{{cite web |url=http://www.casos.cs.cmu.edu/projects/construct/index.php |title=Construct |publisher=Computational Analysis of Social Organizational Systems |accessdate=}}</ref> ，用于探索社会网络和文化的共同发展。在1990年代，[https://en.wikipedia.org/wiki/Nigel_Gilbert 奈杰尔·吉尔伯特]（Nigel Gilbert）出版了第一本教科书：《社会模拟：社会科学家的模拟》（1999年），并创立了社会科学期刊：[https://en.wikipedia.org/wiki/Journal_of_Artificial_Societies_and_Social_Simulation 《人工社会与社会模拟杂志》]（JASSS）。除了JASSS之外，任何科学的基于主体的模型都囊括在SpringerOpen杂志：[https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Complex_Adaptive_Systems_Modeling&action=edit&redlink=1 复杂自适应系统建模]（CASM）的范围内。<ref>[http://www.casmodeling.com Springer Complex Adaptive Systems Modeling Journal (CASM)]</ref>
从上世纪90年代中期开始，ABM的社会科学方向开始关注于设计有效的团队、理解组织有效性所需的沟通以及社交网络的行为等问题。CMOT——后来更名为社会和组织系统计算分析(CASOS)——纳入了越来越多的基于主体的建模。萨缪尔森2000年发表了一篇综述文章<ref>{{cite journal |url=https://www.informs.org/ORMS-Today/Archived-Issues/2000/orms-12-00/Designing-Organizations|last=Samuelson |first=Douglas A. |title=Designing Organizations |journal=OR/MS Today |date=December 2000 }}</ref> ，概述了ABM的早期历史，紧接着在2005年和2006年左右Samuelson和 Macal 追踪了更多的最新进展。<ref>{{cite journal |url=https://www.informs.org/ORMS-Today/Archived-Issues/2005/orms-2-05/Agents-of-Change|last=Samuelson |first=Douglas A. |title=Agents of Change |journal=OR/MS Today |date=February 2005 }}</ref><ref>{{cite journal |url=https://www.informs.org/ORMS-Today/Archived-Issues/2006/orms-8-06/Agent-Based-Simulation-Comes-of-Age |last1=Samuelson |first1=Douglas A. |last2=Macal |first2=Charles M. |title=Agent-Based Modeling Comes of Age |journal=OR/MS Today |date=August 2006 }}</ref>
在20世纪90年代末，TIMS和ORSA的合并成了INFORMS, INFORMS从每年两次的会议变成了一次会议，这促使CMOT组形成了一个独立的协会——北美计算社会和组织科学协会(NAACSOS)。Hleen Carley是主要的贡献者，尤其是对社交网络模型的贡献。她为年会获得了[https://en.wikipedia.org/wiki/National_Science_Foundation 国家科学基金会]的资助，并担任NAACSOS的首任总裁。接替她的是[https://en.wikipedia.org/wiki/University_of_Chicago 芝加哥大学]和[https://en.wikipedia.org/wiki/Argonne_National_Laboratory 阿贡国家实验室]的大卫·萨拉克，然后是[https://en.wikipedia.org/wiki/Emory_University 埃默里大学]的迈克尔·普里图拉。与此同时，[https://en.wikipedia.org/wiki/European_Social_Simulation_Association 欧洲社会模拟协会](ESSA)和亚太社会系统科学研究机构协会(PAAA)也成立了。截至2013年，这三个组织在国际上展开合作。第一届社会模拟世界大会于2006年8月在日本京都举行。2008年7月，第二届世界大会在华盛顿特区北弗吉尼亚郊区举行，[https://en.wikipedia.org/wiki/George_Mason_University 乔治·梅森大学]在当地安排中起了带头作用。
在20世纪90年代末，TIMS和ORSA的合并成了INFORMS, INFORMS从每年两次的会议变成了一次会议，这促使CMOT组形成了一个独立的协会——北美计算社会和组织科学协会(NAACSOS)。Hleen Carley是主要的贡献者，尤其是对社交网络模型的贡献。她为年会获得了[https://en.wikipedia.org/wiki/National_Science_Foundation 国家科学基金会]的资助，并担任NAACSOS的首任总裁。接替她的是[https://en.wikipedia.org/wiki/University_of_Chicago 芝加哥大学]和[https://en.wikipedia.org/wiki/Argonne_National_Laboratory 阿贡国家实验室]的大卫·萨拉克，然后是[https://en.wikipedia.org/wiki/Emory_University 埃默里大学]的迈克尔·普里图拉。与此同时，[https://en.wikipedia.org/wiki/European_Social_Simulation_Association 欧洲社会模拟协会](ESSA)和亚太社会系统科学研究机构协会(PAAA)也成立了。截至2013年，这三个组织在国际上展开合作。第一届社会模拟世界大会于2006年8月在日本京都举行。2008年7月，第二届世界大会在华盛顿特区北弗吉尼亚郊区举行，[https://en.wikipedia.org/wiki/George_Mason_University 乔治·梅森大学]在当地安排中起了带头作用。