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===病毒的起源===

===病毒的起源===

 

最近有人提出了“病毒优先”假说的证据，这可能支持RNA世界的理论。<ref name="Urbana–Champaign_pr">Yates, Diana (25 September 2015). "Study adds to evidence that viruses are alive" (Press release). Champaign, IL: University of Illinois at Urbana–Champaign. Archived from the original on 19 November 2015. Retrieved 20 October 2015.</ref><ref name="ReferenceA">{{cite journal |doi=10.1089/ast.2018.1851 |title=The Need for Including Virus Detection Methods in Future Mars Missions |journal=Astrobiology |volume=18 |issue=12 |pages=1611–1614 |year=2018 |last1=Janjic |first1=Aleksandar |bibcode=2018AsBio..18.1611J }}</ref>研究病毒起源的困难之一是它们的高突变率；尤其是像HIV这样的RNA逆转录病毒。<ref>{{cite journal |doi=10.1098/rstb.2012.0493 |pmid=23938747 |pmc=3758182 |title=Paleovirology: Inferring viral evolution from host genome sequence data |journal=Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences |volume=368 |issue=1626 |page=20120493 |year=2013 |last1=Katzourakis |first1=A }}</ref>2015年的一项研究比较了生命树不同分支的蛋白质折叠结构，研究人员可以重建折叠和基因组编码这些折叠的生物体的进化史。他们认为，蛋白质折叠是古代事件的更好标志，因为即使编码那些折叠的序列开始变化，它们的三维结构也能保持不变。<ref name="Urbana–Champaign_pr" />因此，病毒蛋白库保留了古代进化史的痕迹，可以使用先进的生物信息学方法来恢复。那些研究人员认为，“基因组和颗粒大小减少的长期压力最终将病毒细胞缩减成现代病毒（通过细胞组成的完全丧失来识别），同时其他共存的细胞系也多样化成了现代细胞。”<ref>{{cite journal |last1=Arshan |first1=Nasir |last2=Caetano-Anollés |first2=Gustavo |date=25 September 2015 |title=A phylogenomic data-driven exploration of viral origins and evolution |journal=Science Advances|volume=1 |number=8 |page=e1500527 |doi=10.1126/sciadv.1500527 |pmid=26601271 |pmc=4643759 |bibcode=2015SciA....1E0527N }}</ref> 数据表明，病毒起源于与现代细胞的祖先共存的古细胞。这些古细胞很可能包含分段的RNA基因组。<ref name="Urbana–Champaign_pr" /><ref>{{cite journal |last1=Nasir |first1=Arshan |last2=Naeem |first2=Aisha |last3=Jawad Khan |first3=Muhammad |last4=Lopez-Nicora |first4=Horacio D. |last5=Caetano-Anollés |first5=Gustavo |display-authors=3 |date=December 2011 |title=Annotation of Protein Domains Reveals Remarkable Conservation in the Functional Make up of Proteomes Across Superkingdoms |journal=Genes |volume=2 |issue=4 |pages=869–911 |doi=10.3390/genes2040869 |pmc=3927607 |pmid=24710297}}</ref>

最近有人提出了"病毒优先”假说的证据，这可能支持RNA世界的理论。<ref name="Urbana–Champaign_pr">{{cite press release |last=Yates |first=Diana |date=25 September 2015 |title=Study adds to evidence that viruses are alive |url=https://news.illinois.edu/blog/view/6367/250879 |location=Champaign, IL |publisher=University of Illinois at Urbana–Champaign |access-date=2015-10-20 |url-status=live |archive-url=https://web.archive.org/web/20151119153226/https://news.illinois.edu/blog/view/6367/250879 |archive-date=19 November 2015}}</ref><ref name="ReferenceA">{{cite journal |doi=10.1089/ast.2018.1851 |title=The Need for Including Virus Detection Methods in Future Mars Missions |journal=Astrobiology |volume=18 |issue=12 |pages=1611–1614 |year=2018 |last1=Janjic |first1=Aleksandar |bibcode=2018AsBio..18.1611J }}</ref>研究病毒起源的困难之一是它们的高突变率;尤其是像HIV这样的RNA逆转录病毒。<ref>{{cite journal |doi=10.1098/rstb.2012.0493 |pmid=23938747 |pmc=3758182 |title=Paleovirology: Inferring viral evolution from host genome sequence data |journal=Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences |volume=368 |issue=1626 |page=20120493 |year=2013 |last1=Katzourakis |first1=A }}</ref>2015年的一项研究比较了生命树不同分支的蛋白质折叠结构，研究人员可以重建折叠和基因组编码这些折叠的生物体的进化史。他们认为，蛋白质折叠是古代事件的更好标志，因为即使编码那些折叠的序列开始变化，它们的三维结构也能保持不变。<ref name="Urbana–Champaign_pr" />因此，病毒蛋白库保留了古代进化史的痕迹，可以使用先进的生物信息学方法来恢复。那些研究人员认为，"基因组和颗粒大小减少的长期压力最终将病毒细胞缩减成现代病毒（通过细胞组成的完全丧失来识别），同时其他共存的细胞系也多样化成了现代细胞。"<ref>{{cite journal |last1=Arshan |first1=Nasir |last2=Caetano-Anollés |first2=Gustavo |date=25 September 2015 |title=A phylogenomic data-driven exploration of viral origins and evolution |journal=Science Advances|volume=1 |number=8 |page=e1500527 |doi=10.1126/sciadv.1500527 |pmid=26601271 |pmc=4643759 |bibcode=2015SciA....1E0527N }}</ref> 数据表明，病毒起源于与现代细胞的祖先共存的古细胞。这些古细胞很可能包含分段的RNA基因组。<ref name="Urbana–Champaign_pr" /><ref>{{cite journal |last1=Nasir |first1=Arshan |last2=Naeem |first2=Aisha |last3=Jawad Khan |first3=Muhammad |last4=Lopez-Nicora |first4=Horacio D. |last5=Caetano-Anollés |first5=Gustavo |display-authors=3 |date=December 2011 |title=Annotation of Protein Domains Reveals Remarkable Conservation in the Functional Make up of Proteomes Across Superkingdoms |journal=Genes |volume=2 |issue=4 |pages=869–911 |doi=10.3390/genes2040869 |pmc=3927607 |pmid=24710297}}</ref>

***讨论：那么和病毒最近源的细胞谱系是哪一支呢***

***讨论：那么和病毒最近源的细胞谱系是哪一支呢***

***讨论：阮病毒的出现和某种“位移”或“逃逸”有关吗？这里所谓“从前生物阶段继承的复制模块”是什么呢？***

***讨论：阮病毒的出现和某种“位移”或“逃逸”有关吗？这里所谓“从前生物阶段继承的复制模块”是什么呢？***

=== RNA世界===

=== RNA世界===