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其他人认为，不恰当使用还原论限制了我们对复杂系统的理解。特别是，生态学家罗伯特·尤兰维奇（Robert Ulanowicz）说，科学必须发展技术来研究大规模组织影响小规模组织的方式，以及反馈循环在给定层次上创造结构的方式，而不受较低层次的组织细节的影响。他提倡使用信息理论作为研究自然系统倾向的框架<ref name=":12">R.E. Ulanowicz, ''Ecology: The Ascendant Perspective'', Columbia University Press (1997) ({{ISBN|0-231-10828-1}})</ref>。乌兰诺维茨把这些还原论的批评归因于哲学家卡尔 · 波普尔和生物学家罗伯特 · 罗森<ref name=":13">{{cite journal | last1 = Ulanowicz | first1 = R.E. | year = 1996 | title = Ecosystem Development: Symmetry Arising? | url = http://people.biology.ufl.edu/ulan/pubs/Symmetry.PDF | journal = Symmetry: Culture and Science | volume = 7 | issue = 3 | pages = 321–334 | url-status = dead | archive-url = https://web.archive.org/web/20130530212418/http://people.biology.ufl.edu/ulan/pubs/Symmetry.PDF | archive-date = 2013-05-30 }}</ref>。
其他人认为，不恰当使用还原论限制了我们对复杂系统的理解。特别是，生态学家罗伯特·尤兰维奇（Robert Ulanowicz）说，科学必须发展技术来研究大规模组织影响小规模组织的方式，以及反馈循环在给定层次上创造结构的方式，而不受较低层次的组织细节的影响。他提倡使用信息理论作为研究自然系统倾向的框架<ref name=":12">R.E. Ulanowicz, ''Ecology: The Ascendant Perspective'', Columbia University Press (1997)</ref>。乌兰诺维茨把这些还原论的批评归因于哲学家卡尔 · 波普尔和生物学家罗伯特 · 罗森<ref name=":13">{{cite journal | last1 = Ulanowicz | first1 = R.E. | year = 1996 | title = Ecosystem Development: Symmetry Arising? | url = http://people.biology.ufl.edu/ulan/pubs/Symmetry.PDF | journal = Symmetry: Culture and Science | volume = 7 | issue = 3 | pages = 321–334 | url-status = dead | archive-url = https://web.archive.org/web/20130530212418/http://people.biology.ufl.edu/ulan/pubs/Symmetry.PDF | archive-date = 2013-05-30 }}</ref>。
[[斯图尔特·艾伦·考夫曼 Stuart Alan Kauffman]]认为复杂系统理论和涌现现象对还原论构成了限制<ref name=":14">[http://www.edge.org/3rd_culture/kauffman06/kauffman06_index.html Beyond Reductionism: Reinventing the Sacred] by Stuart Kauffman</ref>。当系统表现出历史性时，涌现尤为重要<ref name=":15">{{Cite book|last1=Longo|first1=Giuseppe|last2=Montévil|first2=Maël|last3=Kauffman|first3=Stuart|date=2012-01-01|title=No Entailing Laws, but Enablement in the Evolution of the Biosphere|url=https://www.academia.edu/11720588|journal=Proceedings of the 14th Annual Conference Companion on Genetic and Evolutionary Computation|series=GECCO '12|location=New York, NY, USA|publisher=ACM|pages=1379–1392|doi=10.1145/2330784.2330946|isbn=978-1-4503-1178-6|arxiv=1201.2069|citeseerx=10.1.1.701.3838|s2cid=15609415}}</ref>。涌现与非线性密切相关<ref name=":16">[http://personal.riverusers.com/~rover/RedRev.pdf A. Scott, ''Reductionism Revisited'', Journal of Consciousness Studies, 11, No. 2, 2004 pp. 51–68]</ref> 。还原论应用的局限性在更复杂的组织层次上尤其明显，包括活细胞<ref name="Huber2013" /> 、神经网络、生态系统、社会，以及由多个反馈回路连接的大量不同组成部分组成的其他系统<ref name="Huber2013">{{cite journal |last1=Huber |first1=F |last2=Schnauss |first2=J |last3=Roenicke |first3=S |last4=Rauch |first4=P |last5=Mueller |first5=K |last6=Fuetterer |first6=C |last7=Kaes |first7=J |title=Emergent complexity of the cytoskeleton: from single filaments to tissue |journal=Advances in Physics |volume=62 |issue=1 |pages=1–112 |year=2013 |doi=10.1080/00018732.2013.771509|bibcode = 2013AdPhy..62....1H |pmid=24748680 |pmc=3985726}} [http://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/00018732.2013.771509 online]</ref> <ref name="Clayton2006" /><ref name="Clayton2006">{{cite journal |editor1-last= Clayton |editor1-first= P |editor2-last= Davies |editor2-first= P |title=The Re-emergence of Emergence: The Emergentist Hypothesis from Science to Religion |publisher=Oxford University Press |location=New York |year=2006}}</ref>。
[[斯图尔特·艾伦·考夫曼 Stuart Alan Kauffman]]认为复杂系统理论和涌现现象对还原论构成了限制<ref name=":14">[http://www.edge.org/3rd_culture/kauffman06/kauffman06_index.html Beyond Reductionism: Reinventing the Sacred] by Stuart Kauffman</ref>。当系统表现出历史性时，涌现尤为重要<ref name=":15">{{Cite book|last1=Longo|first1=Giuseppe|last2=Montévil|first2=Maël|last3=Kauffman|first3=Stuart|date=2012-01-01|title=No Entailing Laws, but Enablement in the Evolution of the Biosphere|url=https://www.academia.edu/11720588|journal=Proceedings of the 14th Annual Conference Companion on Genetic and Evolutionary Computation|series=GECCO '12|location=New York, NY, USA|publisher=ACM|pages=1379–1392|doi=10.1145/2330784.2330946|isbn=978-1-4503-1178-6|arxiv=1201.2069|citeseerx=10.1.1.701.3838}}</ref>。涌现与非线性密切相关<ref name=":16">[http://personal.riverusers.com/~rover/RedRev.pdf A. Scott, ''Reductionism Revisited'', Journal of Consciousness Studies, 11, No. 2, 2004 pp. 51–68]</ref> 。还原论应用的局限性在更复杂的组织层次上尤其明显，包括活细胞<ref name="Huber2013" /> 、神经网络、生态系统、社会，以及由多个反馈回路连接的大量不同组成部分组成的其他系统<ref name="Huber2013">{{cite journal |last1=Huber |first1=F |last2=Schnauss |first2=J |last3=Roenicke |first3=S |last4=Rauch |first4=P |last5=Mueller |first5=K |last6=Fuetterer |first6=C |last7=Kaes |first7=J |title=Emergent complexity of the cytoskeleton: from single filaments to tissue |journal=Advances in Physics |volume=62 |issue=1 |pages=1–112 |year=2013 |doi=10.1080/00018732.2013.771509|bibcode = 2013AdPhy..62....1H |pmid=24748680 |pmc=3985726}} [http://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/00018732.2013.771509 online]</ref> <ref name="Clayton2006" /><ref name="Clayton2006">{{cite journal |editor1-last= Clayton |editor1-first= P |editor2-last= Davies |editor2-first= P |title=The Re-emergence of Emergence: The Emergentist Hypothesis from Science to Religion |publisher=Oxford University Press |location=New York |year=2006}}</ref>。
诺贝尔经济学奖获得者菲利普·沃伦·安德森在他1972年发表在《Science》杂志的论文《More is different》中使用了对称性破缺是一个涌现现象的例子来论证还原论的局限性<ref name=":17">[http://www.sccs.swarthmore.edu/users/08/bblonder/phys120/docs/anderson.pdf Link] {{cite journal|last=Anderson|first=P.W.|title=More is Different|journal=Science|volume=177|issue=4047| pages=393–396|year=1972|doi=10.1126/science.177.4047.393|pmid=17796623|bibcode=1972Sci...177..393A|s2cid=34548824|url=https://semanticscholar.org/paper/8019560143abeb6145ed95aa04ad8ddf9898178d}}</ref>。他观察到，科学可以大致按线性层次排列——粒子物理学、固体物理学、化学、分子生物学、细胞生物学、生理学、心理学、社会科学——一门科学的基本实体遵循在层次中先于它的科学原理的原则。然而，这并不意味着一门科学只是先于它的科学的应用版本。他写道: “在每一个阶段，全新的法则、概念和概括都是必要的，需要灵感和创造力，就像前一个阶段一样。心理学不是应用生物学，生物学也不是应用化学。”
诺贝尔经济学奖获得者菲利普·沃伦·安德森在他1972年发表在《Science》杂志的论文《More is different》中使用了对称性破缺是一个涌现现象的例子来论证还原论的局限性<ref name=":17">[http://www.sccs.swarthmore.edu/users/08/bblonder/phys120/docs/anderson.pdf Link] {{cite journal|last=Anderson|first=P.W.|title=More is Different|journal=Science|volume=177|issue=4047| pages=393–396|year=1972|doi=10.1126/science.177.4047.393|pmid=17796623|bibcode=1972Sci...177..393A|url=https://semanticscholar.org/paper/8019560143abeb6145ed95aa04ad8ddf9898178d}}</ref>。他观察到，科学可以大致按线性层次排列——粒子物理学、固体物理学、化学、分子生物学、细胞生物学、生理学、心理学、社会科学——一门科学的基本实体遵循在层次中先于它的科学原理的原则。然而，这并不意味着一门科学只是先于它的科学的应用版本。他写道: “在每一个阶段，全新的法则、概念和概括都是必要的，需要灵感和创造力，就像前一个阶段一样。心理学不是应用生物学，生物学也不是应用化学。”
诸如[[控制论]]和[[系统论]]这样的学科隐含着非还原论，有时达到了用更高层次的现象来解释特定层次上的现象的程度，在某种意义上，这是还原论的对立面<ref name=":18">{{cite web|url=http://pespmc1.vub.ac.be/DOWNCAUS.html|title=Downward Causation|work=vub.ac.be}}</ref>。
诸如[[控制论]]和[[系统论]]这样的学科隐含着非还原论，有时达到了用更高层次的现象来解释特定层次上的现象的程度，在某种意义上，这是还原论的对立面<ref name=":18">{{cite web|url=http://pespmc1.vub.ac.be/DOWNCAUS.html|title=Downward Causation|work=vub.ac.be}}</ref>。
== 在数学中 ==
== 在数学中 ==