斯图尔特·艾伦·考夫曼 Stuart Alan Kauffman - 版本历史

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工作

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工作

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外部链接

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职业生涯

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职业生涯

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-== 适应度地形 ==
+== 适应度景观 ==
-[[File:Visualization_of_two_dimensions_of_a_NK_fitness_landscape.png|thumb|NK适应度地形的两个维度的可视化。箭头表示种群在适应度地形中进化时可能遵循的各种突变路径。]]
+[[File:Visualization_of_two_dimensions_of_a_NK_fitness_landscape.png|thumb|NK适应度景观的两个维度的可视化。箭头表示种群在适应度景观中进化时可能遵循的各种突变路径。]]

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	* Archived at [https://ghostarchive.org/varchive/youtube/20211211/R9Mn1bppV7U Ghostarchive] and the [https://web.archive.org/web/20200426234744/https://www.youtube.com/watch?v=R9Mn1bppV7U&gl=US&hl=en Wayback Machine]: {{cite web \|url=https://www.youtube.com/watch?v=R9Mn1bppV7U \|title=The Shape of History \|website=[[YouTube]]}} A talk at the New England Complex Systems Institute, January 28, 2019.		* Archived at [https://ghostarchive.org/varchive/youtube/20211211/R9Mn1bppV7U Ghostarchive] and the [https://web.archive.org/web/20200426234744/https://www.youtube.com/watch?v=R9Mn1bppV7U&gl=US&hl=en Wayback Machine]: {{cite web \|url=https://www.youtube.com/watch?v=R9Mn1bppV7U \|title=The Shape of History \|website=[[YouTube]]}} A talk at the New England Complex Systems Institute, January 28, 2019.
	* 2019年1月28日，在新英格兰复杂系统研究所的一次演讲中，我们发现了一个叫做 Ghostarchive 和时光机的存档文件。		* 2019年1月28日，在新英格兰复杂系统研究所的一次演讲中，我们发现了一个叫做 Ghostarchive 和时光机的存档文件。
		+
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		+	==编辑推荐==
		+	===集智课程===
		+	====[https://campus.swarma.org/course/2153 生命起源的最重要的问题——主体性与层级跃迁]====
		+	生命作为最典型的复杂系统，从细胞到个体再到群体，在不同层次上都展现出各种复杂性，引发不同学科研究者的兴趣。为了促进生命复杂系统的跨学科交流，我们策划“生命复杂性”系列读书会，组织精读和讨论相关研究。生命起源是最迷人的科学问题之一，也是生物、化学、地质等多个学科的汇合地。而从复杂性科学的视角看，生命起源和发展是一个多次涌现、逐层跃迁的过程。
		+
		+	该课程中介绍了关于生命起源的四大经典理论和最新工作，并讨论生命分阶段起源的定量研究设想。
		+
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		+	====[https://campus.swarma.org/course/2261 生命起源与自我复制]====
		+	该课程介绍了生命起源与自我复制的概念以及其它们之间的关系。
		+
		+

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 *{{cite arXiv |first=Stuart |last=Kauffman |title=Beyond the Stalemate: Conscious Mind-Body - Quantum Mechanics - Free Will - Possible Panpsychism - Possible Interpretation of Quantum Enigma |date=October 2014 |eprint=1410.2127|class=physics.hist-ph }}
 *{{cite journal |ssrn=2197512 |title=Economic Opportunity and Evolution: Beyond Landscapes and Bounded Rationality |last1=Felin |first1=T. |last2=Kauffman |first2=S. |last3=Koppl |first3=R. |last4=Longo |first4=G. |journal=[[Strategic Entrepreneurship Journal]] |date=December 2014 |volume=8 |issue=4 |pages=269–282 |doi=10.1002/sej.1184 |url=https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01415115/file/FelinKauffmanKopplLongoSEJ2014.pdf }}
-*{{cite journal |last1=Vattay |first1=G. |last2=Salahub |first2=D. |last3=Csaibai |first3=I. |last4=Nassmi |first4=A. |last5=Kauffman |first5=S. |title=Quantum Criticality at the Origin of Life |journal=Journal of Physics: Conference Series |volume=626 |pages=012023 |date=February 2015 |issue=1 |arxiv=1502.06880 |doi=10.1088/1742-6596/626/1/012023 |bibcode=2015JPhCS.626a2023V |s2cid=18439451 }}
+*{{cite journal |last1=Vattay |first1=G. |last2=Salahub |first2=D. |last3=Csaibai |first3=I. |last4=Nassmi |first4=A. |last5=Kauffman |first5=S. |title=Quantum Criticality at the Origin of Life |journal=Journal of Physics: Conference Series |volume=626 |pages=012023 |date=February 2015 |issue=1 |arxiv=1502.06880 |doi=10.1088/1742-6596/626/1/012023 |bibcode=2015JPhCS.626a2023V }}
 *{{cite book |last1=Kauffman |first1=S. |year=2016 |chapter=Answering Descartes: Beyond Turing |title=The Once and Future Turing |editor1=Cooper, S. Barry |editor-link=S. Barry Cooper |editor2=Hodges, Andrew |editor2-link=Andrew Hodges |publisher=Cambridge University Press }}

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−	2017年，考夫曼与露丝·卡斯特纳 Ruth Kastner和迈克尔·艾伯森 Michael Epperson合著了《认真对待海森堡的潜能 Taking Heisenberg's Potentia Seriously》，探讨了现实既包括本体论上真实的“可能性”，也包括本体论上真实的“实际”这一概念。<ref>{{cite book \|last1=Kastner \|first1=Ruth E. \|last2=Kauffman \|first2=Stuart \|last3=Epperson \|first3=Michael \|date=2019 \|chapter=Taking Heisenberg's Potentia Seriously \|title=Adventures in Quantumland: Exploring Our Unseen Reality \|location=London ; Hackensack, NJ \|publisher=World Scientific \|pages=223–237 \|isbn=978-1-78634-641-4 \|oclc=1083673555 \|doi=10.1142/9781786346421_0011\|arxiv=1709.03595 ~~\|s2cid=4882205~~ }}</ref>	+	2017年，考夫曼与露丝·卡斯特纳 Ruth Kastner和迈克尔·艾伯森 Michael Epperson合著了《认真对待海森堡的潜能 Taking Heisenberg's Potentia Seriously》，探讨了现实既包括本体论上真实的“可能性”，也包括本体论上真实的“实际”这一概念。<ref>{{cite book \|last1=Kastner \|first1=Ruth E. \|last2=Kauffman \|first2=Stuart \|last3=Epperson \|first3=Michael \|date=2019 \|chapter=Taking Heisenberg's Potentia Seriously \|title=Adventures in Quantumland: Exploring Our Unseen Reality \|location=London ; Hackensack, NJ \|publisher=World Scientific \|pages=223–237 \|isbn=978-1-78634-641-4 \|oclc=1083673555 \|doi=10.1142/9781786346421_0011\|arxiv=1709.03595 }}</ref>

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 == 工作 ==
-考夫曼最著名的论点是，生物系统和有机体的复杂性可能来自自组织和远离平衡的动力学，也可能来自达尔文的自然选择，在进化生物学的三个领域，即种群动力学、分子进化和形态发生。在分子生物学方面，考夫曼的结构主义方法因忽视了能量在驱动细胞生化反应中的作用而受到批评，这种作用可以被称为自催化，但不是简单的自组织。<ref>{{cite journal |last=Fox |first=Ronald F. |title=Review of Stuart Kauffman, The Origins of Order: Self-Organization and Selection in Evolution |journal=Biophys. J. |date=December 1993 |volume=65 |issue=6 |pages=2698–2699 |pmc=1226010 |doi=10.1016/s0006-3495(93)81321-3 |bibcode=1993BpJ....65.2698F}}</ref>一些在考夫曼领域工作的生物学家和物理学家对他关于自组织和进化的观点提出了质疑。一个恰当的例子是2001年出版的《生物系统中的自组织 Self-Organization in Biological Systems》一书中的一些评论。<ref>{{cite book |last1=Camazine |first1=Scott |last2=Deneubourg |first2=Jean-Louis |last3=Franks |first3=Nigel R. |last4=Sneyd |first4=James |last5=Theraulaz |first5=Guy |last6=Bonabeau |first6=Eric |date=2001 |title=Self-Organization in Biological Systems |series=Princeton Studies in Complexity |location=Princeton, New Jersey |publisher=[[Princeton University Press]] |pages=[https://books.google.com/books?id=_OXaDwAAQBAJ&pg=PA88 88–89], [https://books.google.com/books?id=_OXaDwAAQBAJ&pg=PA283 283] |doi=10.2307/j.ctvzxx9tx |isbn=0691012113 |oclc=44876868 |jstor=j.ctvzxx9tx}}</ref>Roger Sansom在2011年出版的《天才基因:基因调控网络如何进化到控制发展 Ingenious Genes: How Gene Regulation Networks Evolve to Control Development》一书，是对考夫曼关于基因调控网络的自组织模型的扩展批评。<ref>{{cite book |last=Sansom |first=Roger |date=2011 |title=Ingenious Genes: How Gene Regulation Networks Evolve To Control Development |series=Life and Mind: Philosophical Issues in Biology and Psychology |location=Cambridge, Massachusetts |publisher=[[MIT Press]] |isbn=9780262195812 |oclc=694600461 |doi=10.7551/mitpress/9780262195812.001.0001}} See also: {{cite journal |last=Wray |first=Gregory A. |date=December 2012 |title=Adaptation and Gene Networks: ''Ingenious Genes: How Gene Regulation Networks Evolve to Control Development'' [book review] |journal=[[BioScience]] |volume=62 |issue=12 |pages=1084–1085 |doi=10.1525/bio.2012.62.12.10 |doi-access=free}}</ref>
+考夫曼最著名的论点是，生物系统和有机体的复杂性可能来自自组织和远离平衡的动力学，也可能来自达尔文的自然选择，在进化生物学的三个领域，即种群动力学、分子进化和形态发生。在分子生物学方面，考夫曼的结构主义方法因忽视了能量在驱动细胞生化反应中的作用而受到批评，这种作用可以被称为自催化，但不是简单的自组织。<ref>{{cite journal |last=Fox |first=Ronald F. |title=Review of Stuart Kauffman, The Origins of Order: Self-Organization and Selection in Evolution |journal=Biophys. J. |date=December 1993 |volume=65 |issue=6 |pages=2698–2699 |pmc=1226010 |doi=10.1016/s0006-3495(93)81321-3 |bibcode=1993BpJ....65.2698F}}</ref>一些在考夫曼领域工作的生物学家和物理学家对他关于自组织和进化的观点提出了质疑。一个恰当的例子是2001年出版的《生物系统中的自组织 Self-Organization in Biological Systems》一书中的一些评论。<ref>{{cite book |last1=Camazine |first1=Scott |last2=Deneubourg |first2=Jean-Louis |last3=Franks |first3=Nigel R. |last4=Sneyd |first4=James |last5=Theraulaz |first5=Guy |last6=Bonabeau |first6=Eric |date=2001 |title=Self-Organization in Biological Systems |series=Princeton Studies in Complexity |location=Princeton, New Jersey |publisher=[[Princeton University Press]] |pages=[https://books.google.com/books?id=_OXaDwAAQBAJ&pg=PA88 88–89], [https://books.google.com/books?id=_OXaDwAAQBAJ&pg=PA283 283] |doi=10.2307/j.ctvzxx9tx |isbn=0691012113 |oclc=44876868 |jstor=j.ctvzxx9tx}}</ref>Roger Sansom在2011年出版的《天才基因:基因调控网络如何进化到控制发展 Ingenious Genes: How Gene Regulation Networks Evolve to Control Development》一书，是对考夫曼关于基因调控网络的自组织模型的扩展批评。<ref>{{cite book |last=Sansom |first=Roger |date=2011 |title=Ingenious Genes: How Gene Regulation Networks Evolve To Control Development |series=Life and Mind: Philosophical Issues in Biology and Psychology |location=Cambridge, Massachusetts |publisher=[[MIT Press]] |isbn=9780262195812 |oclc=694600461 |doi=10.7551/mitpress/9780262195812.001.0001}} 参见: {{cite journal |last=Wray |first=Gregory A. |date=December 2012 |title=Adaptation and Gene Networks: ''Ingenious Genes: How Gene Regulation Networks Evolve to Control Development'' [book review] |journal=[[BioScience]] |volume=62 |issue=12 |pages=1084–1085 |doi=10.1525/bio.2012.62.12.10 |doi-access=free}}</ref>
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 考夫曼在这里讲述了2017年的故事[https://ghostarchive.org/varchive/youtube/20211211/mxALd-rqSBc Ghostarchive] and the [https://web.archive.org/web/20170312233945/https://www.youtube.com/watch?v=mxALd-rqSBc&feature=youtu.be Wayback Machine]: {{cite web |url=https://www.youtube.com/watch?v=mxALd-rqSBc |title=The Surprising True Story of Patrick, Rupert, Sly, and Gus |website=[[YouTube]] |date=10 March 2017 |access-date=2020-05-26}}
-这里有一个动画版本:  [https://ghostarchive.org/varchive/youtube/20211211/qKXt7zdLVR4 Ghostarchive] and the [https://web.archive.org/web/20201002012309/https://www.youtube.com/watch?v=qKXt7zdLVR4&t=663s Wayback Machine]: {{cite web |url=https://www.youtube.com/watch?v=qKXt7zdLVR4|title=The origins of life and its continuing wonder |website=[[YouTube]] |publisher=Science Animated |date=24 August 2020 |quote=Stuart Kauffman explains how life evolved from its earlier origins some 3,700 million years ago through the story of four protocells—Patrick, Rupert, Sly and Gus. He explains why our knowledge of the origins and early evolution of life can greatly help us understand our true place in the world.}}</ref>
+这里有一个动画版本:  [https://ghostarchive.org/varchive/youtube/20211211/qKXt7zdLVR4 Ghostarchive] and the [https://web.archive.org/web/20201002012309/https://www.youtube.com/watch?v=qKXt7zdLVR4&t=663s Wayback Machine]: {{cite web |url=https://www.youtube.com/watch?v=qKXt7zdLVR4|title=The origins of life and its continuing wonder |website=[[YouTube]] |publisher=Science Animated |date=24 August 2020 |quote=斯图尔特·考夫曼通过讲述四种原始细胞——帕特里克、鲁伯特、希尔和格斯的故事，解释了生命是如何从37亿年前的早期起源进化而来的。他解释了为什么我们关于生命起源和早期进化的知识可以极大地帮助我们理解我们在世界上的真实位置。}}</ref>

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−	2016年，考夫曼写了一篇儿童故事《帕特里克、鲁伯特、斯莱和格斯的原始细胞》，讲述了生物圈中难以描述的生态位创造，后来被制作成动画短片。<ref>这个故事可以在这里阅读: {{cite web \|url=https://iscpif.fr/wp-content/uploads/2016/11/THE-SURPRISING-TRUE-2STORY-OF-PATRICK-S-RUPERT-R.-SLY-S.-AND-GUS-G.-.pdf \|archive-url=https://web.archive.org/web/20200527002318/https://iscpif.fr/wp-content/uploads/2016/11/THE-SURPRISING-TRUE-2STORY-OF-PATRICK-S-RUPERT-R.-SLY-S.-AND-GUS-G.-.pdf \|archive-date=2020-05-27 \|url-status=live \|title=The Surprising True Story of Patrick S., Rupert R., Sly S., and Gus G. Protocells in Their Very Early Years \|date=16 August 2016}} ~~Kauffman narrates the story in 2017 here: Archived at~~ [https://ghostarchive.org/varchive/youtube/20211211/mxALd-rqSBc Ghostarchive]~~{{cbignore}}~~ and the [https://web.archive.org/web/20170312233945/https://www.youtube.com/watch?v=mxALd-rqSBc&feature=youtu.be Wayback Machine]~~{{cbignore}}~~: {{cite web \|url=https://www.youtube.com/watch?v=mxALd-rqSBc \|title=The Surprising True Story of Patrick, Rupert, Sly, and Gus \|website=[[YouTube]] \|date=10 March 2017 \|access-date=2020-05-26}}~~{{cbignore}} An animated version is here~~: ~~Archived at~~ [https://ghostarchive.org/varchive/youtube/20211211/qKXt7zdLVR4 Ghostarchive]~~{{cbignore}}~~ and the [https://web.archive.org/web/20201002012309/https://www.youtube.com/watch?v=qKXt7zdLVR4&t=663s Wayback Machine]~~{{cbignore}}~~: {{cite web \|url=https://www.youtube.com/watch?v=qKXt7zdLVR4\|title=The origins of life and its continuing wonder \|website=[[YouTube]] \|publisher=Science Animated \|date=24 August 2020 \|quote=Stuart Kauffman explains how life evolved from its earlier origins some 3,700 million years ago through the story of four protocells—Patrick, Rupert, Sly and Gus. He explains why our knowledge of the origins and early evolution of life can greatly help us understand our true place in the world.~~}}{{cbignore~~}}</ref>~~:考夫曼在这里讲述了2017年的故事:存档在Ghostarchive和Wayback Machine:这里有一个动画版本:存档在Ghostarchive和Wayback Machine。~~	+	2016年，考夫曼写了一篇儿童故事《帕特里克、鲁伯特、斯莱和格斯的原始细胞》，讲述了生物圈中难以描述的生态位创造，后来被制作成动画短片。<ref>这个故事可以在这里阅读: {{cite web \|url=https://iscpif.fr/wp-content/uploads/2016/11/THE-SURPRISING-TRUE-2STORY-OF-PATRICK-S-RUPERT-R.-SLY-S.-AND-GUS-G.-.pdf \|archive-url=https://web.archive.org/web/20200527002318/https://iscpif.fr/wp-content/uploads/2016/11/THE-SURPRISING-TRUE-2STORY-OF-PATRICK-S-RUPERT-R.-SLY-S.-AND-GUS-G.-.pdf \|archive-date=2020-05-27 \|url-status=live \|title=The Surprising True Story of Patrick S., Rupert R., Sly S., and Gus G. Protocells in Their Very Early Years \|date=16 August 2016}}
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		+	考夫曼在这里讲述了2017年的故事[https://ghostarchive.org/varchive/youtube/20211211/mxALd-rqSBc Ghostarchive] and the [https://web.archive.org/web/20170312233945/https://www.youtube.com/watch?v=mxALd-rqSBc&feature=youtu.be Wayback Machine]: {{cite web \|url=https://www.youtube.com/watch?v=mxALd-rqSBc \|title=The Surprising True Story of Patrick, Rupert, Sly, and Gus \|website=[[YouTube]] \|date=10 March 2017 \|access-date=2020-05-26}}
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		+	这里有一个动画版本: [https://ghostarchive.org/varchive/youtube/20211211/qKXt7zdLVR4 Ghostarchive] and the [https://web.archive.org/web/20201002012309/https://www.youtube.com/watch?v=qKXt7zdLVR4&t=663s Wayback Machine]: {{cite web \|url=https://www.youtube.com/watch?v=qKXt7zdLVR4\|title=The origins of life and its continuing wonder \|website=[[YouTube]] \|publisher=Science Animated \|date=24 August 2020 \|quote=Stuart Kauffman explains how life evolved from its earlier origins some 3,700 million years ago through the story of four protocells—Patrick, Rupert, Sly and Gus. He explains why our knowledge of the origins and early evolution of life can greatly help us understand our true place in the world.}}</ref>

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 * {{cite news |url=https://www.salon.com/2008/11/19/stuart_kauffman/ |title=God Enough |first=Steve |last=Paulson |work=[[Salon (website)|Salon]] |date=November 9, 2008 |access-date=2015-04-28}}
 * {{cite web |url=https://vimeo.com/ondemand/stuartkauffman |title=Thinker of Untold Dreams: A Portrait of Stuart Kauffman |website=[[Vimeo]]}}
-* Archived at [https://ghostarchive.org/varchive/youtube/20211211/R9Mn1bppV7U Ghostarchive]{{cbignore}} and the [https://web.archive.org/web/20200426234744/https://www.youtube.com/watch?v=R9Mn1bppV7U&gl=US&hl=en Wayback Machine]{{cbignore}}: {{cite web |url=https://www.youtube.com/watch?v=R9Mn1bppV7U |title=The Shape of History |website=[[YouTube]]}}{{cbignore}} A talk at the New England Complex Systems Institute, January 28, 2019.
+* Archived at [https://ghostarchive.org/varchive/youtube/20211211/R9Mn1bppV7U Ghostarchive] and the [https://web.archive.org/web/20200426234744/https://www.youtube.com/watch?v=R9Mn1bppV7U&gl=US&hl=en Wayback Machine]: {{cite web |url=https://www.youtube.com/watch?v=R9Mn1bppV7U |title=The Shape of History |website=[[YouTube]]}} A talk at the New England Complex Systems Institute, January 28, 2019.
-* Archived at Ghostarchive and the Wayback Machine:  A talk at the New England Complex Systems Institute, January 28, 2019.
+* 2019年1月28日，在新英格兰复杂系统研究所的一次演讲中，我们发现了一个叫做 Ghostarchive 和时光机的存档文件。
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−	2009年1月考夫曼成为坦佩雷科技大学信号处理系芬兰特聘教授(FiDiPro)，该任命于2012年12月结束。FiDiPro研究项目的主题是基于单分子水平的基因表达数据开发基因调控网络的延迟随机模型。	+	2009年1月考夫曼成为坦佩雷科技大学信号处理系芬兰特聘教授（FiDiPro），该任命于2012年12月结束。FiDiPro研究项目的主题是基于单分子水平的基因表达数据开发基因调控网络的延迟随机模型。

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−	2014年，考夫曼与萨穆里·尼拉宁 Samuli Niiranen和嘉宝·瓦泰 Gabor Vattay获得了一项关于“平衡状态”<ref>{{cite ~~patent \|country=US~~ \|url=https://patents.google.com/patent/US20120071333 \|title=Uses of systems with degrees of freedom poised between fully quantum and fully classical states }}</ref>(realm，见下文)的创始专利，这是一种显然是新的“物质状态”，在量子领域和经典领域之间可逆地徘徊。	+	2014年，考夫曼与萨穆里·尼拉宁 Samuli Niiranen和嘉宝·瓦泰 Gabor Vattay获得了一项关于“平衡状态”<ref>{{cite web\|url=https://patents.google.com/patent/US20120071333 \|title=Uses of systems with degrees of freedom poised between fully quantum and fully classical states }}</ref>(realm，见下文)的创始专利，这是一种显然是新的“物质状态”，在量子领域和经典领域之间可逆地徘徊。