雷卡·阿尔伯特 Réka Albert - 版本历史

费米子：/* 植物保卫细胞中的信号转导 */

2020-05-17T16:15:15Z

植物保卫细胞中的信号转导

费米子：/* 生态社区建模 */

2020-05-17T16:06:53Z

生态社区建模

费米子：/* 肝癌上皮向间质转化的模型 */

2020-05-17T16:01:35Z

肝癌上皮向间质转化的模型

费米子：/* 集智论文 */

2020-05-17T10:07:06Z

集智论文

费米子：/* 集智视频 */

2020-05-17T10:03:59Z

集智视频

费米子：/* 集智论文 */

2020-05-17T10:03:42Z

集智论文

费米子：/* 参考文献 */

2020-05-17T10:02:45Z

参考文献

费米子：/* 主要文章及著作 */

2020-05-17T09:33:43Z

主要文章及著作

费米子：/* 主要文章及著作 */

2020-05-17T09:33:10Z

主要文章及著作

费米子：/* 研究领域 */

2020-05-17T09:26:15Z

研究领域

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 植物已经进化出能响应不断变化的环境条件的复杂信号转导机制，其一是受光打开气孔、干旱条件将其关闭。研究者已整合有关光和干旱信号的实验信息，以重建保卫细胞的信号转导网络并建模。其工作发现了知识空白，并产生了新的预测和假设。
-[[File:Border.jpg|200px|thumb|center|植物保卫细胞中的信号转导]]
+[[File:Border.jpg|200px|thumb|center|[https://www.ralbert.me/research.html 植物保卫细胞中的信号转导]]]
 合作者：宾夕法尼亚州立大学生物学系教授Sarah Assmann和Waller
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 == 研究团队 ==

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 ===生态社区建模===
 掠食者与猎物之间的关系，或植物与昆虫授粉媒介之间的共生相互作用，将生态群落的物种连接成一个相互依存的复杂网络。这意味着一个物种的灭绝会产生连锁反应，这种连锁反应很难预测，有时甚至是灾难性的。
-[[File:Species.jpg|200px|thumb|center|生态群落的物种关系]]
+[[File:Species.jpg|200px|thumb|center| [https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/2012PhRvE..86b1924C/abstract 植物-传粉者网络的拓扑结构及其在物种灭绝中的脆弱性 Topology of plant-pollinator networks that are vulnerable to collapse from species extinction]]]
 合作者：宾夕法尼亚州立大学生物学教授Katriona Shea
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 上皮-间质转化（EMT）是癌细胞离开原发肿瘤部位、侵袭周围组织并建立远处转移的发展过程。通过整合发展性EMT和浸润性肝癌中已知失调的信号通路，其研究人员构建了一个由70个节点和135条边组成的EMT网络。然后通过离散动态建模来了解由TGFβ驱动的EMT网络的动力学。研究使用该模型来识别抑制EMT的组合干预措施，并通过siRNA实验对其进行了验证。研究还发现许多明显成功的单一干预措施可能导致上皮状态和间充质状态之间的稳定状态。
-[[File:Phasenodes.gif|800px|thumb|center]]
+[[File:Phasenodes.gif|800px|thumb|center|[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5516807/ 组合干预抑制 tgf 诱导的上皮细胞向间充质细胞转化并支持混合细胞表型 Combinatorial interventions inhibit TGFβ-driven epithelial-to-mesenchymal transition and support hybrid cellular phenotypes]]]
 合作者：弗吉尼亚大学医学院博士Thomas P. Loughran

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 <references/>
 ==编者推荐==
-==集智论文==
+===集智论文===
+[[File:Example-of-a-Barabasi-Albert-network-A-starting-from-a-10-vertex-network-and-growing-it.png|right|400px|缩略图|[https://en.wikipedia.org/wiki/Barab%C3%A1si%E2%80%93Albert_model Barabasi-Albert网络创造10个结点的网络]]]
 ====Barabasi-Albert 网络的配置模型 [https://pattern.swarma.org/paper?id=5ade71d6-00b0-11ea-8d16-acde48001122 The configuration model for Barabasi-Albert networks]====
-::本论文介绍了重新布线方法(最初由纽曼提出) ，允许建立随机网络具有预先指定的度分布和两点相关性。
+本论文介绍了重新布线方法(最初由纽曼提出) ，允许建立随机网络具有预先指定的度分布和两点相关性。
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 ====Barabasi-Albert 网络的扩散传染过程 [https://pattern.swarma.org/paper?id=4049dd80-832b-11ea-8ea8-0242ac1a000b The Diffusive Epidemic Process on Barabasi-Albert Networks]====
-::本文给出了无标度图上具有有限阈值的扩散传染病过程。 传染病的扩散过程描述了传染病在一个非定居人群中传播的过程，它是一个反应扩散过程。 在扩散阶段，根据感染者和易感者不同的扩散率，个体可以在连通节点之间跳跃。 在反应阶段，如果有一个被感染的个体共享同一个节点，并且被感染的个体可以自发恢复，那么就可能发生传染。 主要创新点是通过使用带有反应时间的 Gillespie 算法，使个体相互作用的数量与种群大小无关。
+本文给出了无标度图上具有有限阈值的扩散传染病过程。 传染病的扩散过程描述了传染病在一个非定居人群中传播的过程，它是一个反应扩散过程。 在扩散阶段，根据感染者和易感者不同的扩散率，个体可以在连通节点之间跳跃。 在反应阶段，如果有一个被感染的个体共享同一个节点，并且被感染的个体可以自发恢复，那么就可能发生传染。 主要创新点是通过使用带有反应时间的 Gillespie 算法，使个体相互作用的数量与种群大小无关。
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 ====基因型自旋Barabási-Albert网络的修正 Ising 模型 [https://pattern.swarma.org/paper?id=1b2c1924-88b1-11ea-b132-0242ac1a000b A Modified Ising Model of Barabási-Albert Network with Gene-type Spins]====
-::由于生物状态之间的明显不对称性，本文提出了一个对称Ising模型的改进，以适应生命系统的非对称性，这里称为基因型自旋的修正Ising模型。 利用蒙特卡罗方法对相变进行了模拟分析，提出了一种与实际网络非常相似的网络类型的修正Ising模型的均场解，即无标度网络的Barabási-Albert模型。
+由于生物状态之间的明显不对称性，本文提出了一个对称Ising模型的改进，以适应生命系统的非对称性，这里称为基因型自旋的修正Ising模型。 利用蒙特卡罗方法对相变进行了模拟分析，提出了一种与实际网络非常相似的网络类型的修正Ising模型的均场解，即无标度网络的Barabási-Albert模型。
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-==集智视频==
+===集智视频===
 [[File:Biological-networks-included-in-CausalBioNet-each-node-is-labeled-with-the-network-name.png|right|400px|缩略图|[https://www.youtube.com/watch?v=2WkfJbY4wTU 生物网络]]]
 ====[https://campus.swarma.org/course/1110 重访经典：无标度网络]====

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 ==参考文献==
 <references/>
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 [[File:无标度网络.jpg|300px|缩略图|右|无标度网络]]
 *《通过控制细胞内网络动态进行细胞命运重编程 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4388852/ Cell fate reprogramming by control of intracellular network dynamics]》,JGT Zañudo, R Albert(2015),  PLoS Computational Biology 11 (4), e1004193.（被引用99次）
 *《生物调控网络的布尔建模：方法学教程 [http://medicinaycomplejidad.org/pdf/albert12.pdf Boolean modeling of biological regulatory networks: A methodology tutorial]》，A. Saadatpour, R. Albert, (2013), Methods 62, 3-12 .（被引用116次）
 *《植物-授粉媒介群落装配的网络模型 [https://www.pnas.org/content/pnas/108/1/197.full.pdf A network model for plant–pollinator community assembly]》.C. Campell, S. Yang, R. Albert and K. Shea.(2011), Proceedings of the National Academy of Sciences 108 (1), 197-202.（被引用79次）
 *《复杂网络的统计力学 [https://arxiv.org/abs/cond-mat/0106096v1 Statistical mechanics of complex networks]》,Albert R., Barabási A.-L.(2002), Reviews of Modern Physics, Vol. 74, Nr. 1, pp.&nbsp;47–97. （被引用'''23023次'''）
 ::复杂网络描述了自然界和社会中各种各样的系统，被广泛引用的例子包括细胞、通过化学反应连接起来的化学物质网络，或者互联网、通过物理链接连接起来的路由器和计算机网络。 虽然传统上这些系统被建模为随机图，但人们越来越认识到，真实网络的拓扑结构和演化是由鲁棒的组织原则支配的。 在本篇文章中，作者回顾了复杂网络领域的最新进展，重点介绍了统计力学网络拓扑和动力学。 在回顾了近年来引起人们对网络研究兴趣的经验数据之后，讨论了网络的主要模型和分析工具，包括随机图、小世界和[[无标度网络 Scale-free network]]，以及拓扑结构和网络对失效和攻击的鲁棒性之间的相互作用。
 [[File:Gene.jpg|300px|缩略图|右|基因调控是由肝细胞性肝癌的一个核心网络控制的]]
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 *《代谢网络的大标度组织 [https://www.nature.com/articles/35036627 The large-scale organization of metabolic networks]》,Jeong H., Tombor B., Albert R., Oltvai Z.N., Barabási A.-L.(2000), Nature 407, pp.&nbsp;651–654.（被引用'''5867次'''）
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 == 主要文章及著作 ==
 [[File:无标度网络.jpg|300px|缩略图|右|无标度网络]]
-*JGT Zañudo, R Albert(2015), [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4388852/ Cell fate reprogramming by control of intracellular network dynamics], PLoS Computational Biology 11 (4), e1004193.（被引用99次）
+*《通过控制细胞内网络动态进行细胞命运重编程 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4388852/ Cell fate reprogramming by control of intracellular network dynamics]》,JGT Zañudo, R Albert(2015),  PLoS Computational Biology 11 (4), e1004193.（被引用99次）
-*A. Saadatpour, R. Albert, (2013)[http://medicinaycomplejidad.org/pdf/albert12.pdf Boolean modeling of biological regulatory networks: A methodology tutorial], Methods 62, 3-12 .（被引用116次）
+*《生物调控网络的布尔建模：方法学教程 [http://medicinaycomplejidad.org/pdf/albert12.pdf Boolean modeling of biological regulatory networks: A methodology tutorial]》，A. Saadatpour, R. Albert, (2013), Methods 62, 3-12 .（被引用116次）
-*C. Campell, S. Yang, R. Albert and K. Shea.(2011) [https://www.pnas.org/content/pnas/108/1/197.full.pdf A network model for plant–pollinator community assembly]. Proceedings of the National Academy of Sciences 108 (1), 197-202.（被引用79次）
+*《植物-授粉媒介群落装配的网络模型 [https://www.pnas.org/content/pnas/108/1/197.full.pdf A network model for plant–pollinator community assembly]》.C. Campell, S. Yang, R. Albert and K. Shea.(2011), Proceedings of the National Academy of Sciences 108 (1), 197-202.（被引用79次）
-*  Albert R., Barabási A.-L.(2002): [https://arxiv.org/abs/cond-mat/0106096v1 Statistical mechanics of complex networks], Reviews of Modern Physics, Vol. 74, Nr. 1, pp.&nbsp;47–97. （被引用'''23023次'''）
+*《复杂网络的统计力学 [https://arxiv.org/abs/cond-mat/0106096v1 Statistical mechanics of complex networks]》,Albert R., Barabási A.-L.(2002), Reviews of Modern Physics, Vol. 74, Nr. 1, pp.&nbsp;47–97. （被引用'''23023次'''）
 ::复杂网络描述了自然界和社会中各种各样的系统，被广泛引用的例子包括细胞、通过化学反应连接起来的化学物质网络，或者互联网、通过物理链接连接起来的路由器和计算机网络。 虽然传统上这些系统被建模为随机图，但人们越来越认识到，真实网络的拓扑结构和演化是由鲁棒的组织原则支配的。 在本篇文章中，作者回顾了复杂网络领域的最新进展，重点介绍了统计力学网络拓扑和动力学。 在回顾了近年来引起人们对网络研究兴趣的经验数据之后，讨论了网络的主要模型和分析工具，包括随机图、小世界和[[无标度网络 Scale-free network]]，以及拓扑结构和网络对失效和攻击的鲁棒性之间的相互作用。
 [[File:Gene.jpg|300px|缩略图|右|基因调控是由肝细胞性肝癌的一个核心网络控制的]]
-*  Jeong H., Tombor B., Albert R., Oltvai Z.N., Barabási A.-L.(2000): [https://www.nature.com/articles/35036627 The large-scale organization of metabolic networks], Nature 407, pp.&nbsp;651–654.（被引用'''5867次'''）
-*  Albert R., Jeong H., Barabási A.-L.(2000): [https://arxiv.org/abs/cond-mat/0008064v1 Error and attack tolerance of complex networks], Nature 406, pp.&nbsp;378–382.（被引用'''9084次'''）
+*《代谢网络的大标度组织 [https://www.nature.com/articles/35036627 The large-scale organization of metabolic networks]》,Jeong H., Tombor B., Albert R., Oltvai Z.N., Barabási A.-L.(2000), Nature 407, pp.&nbsp;651–654.（被引用'''5867次'''）
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-* Barabási A.-L., Albert R.(1999): [https://arxiv.org/abs/cond-mat/9910332v1 ''Emergence of scaling in random networks''], Science, Vol. 286, Nr. 5439, pp.&nbsp;509–12.（被引用'''36517次'''）
+*《复杂网络的错误和攻击容忍度 [https://arxiv.org/abs/cond-mat/0008064v1 Error and attack tolerance of complex networks]》, Albert R., Jeong H., Barabási A.-L.(2000), Nature 406, pp.&nbsp;378–382.（被引用'''9084次'''）
 ::随机网络中标度的出现：各种各样的系统，如遗传网络或万维网，最适合描述为具有复杂拓扑结构的网络。 许多大型网络的一个共同特性是顶点连接性服从无标度[[幂律分布 power law]]。 这个特征被发现是两个通用机制的结果，网络通过增加新的顶点不断扩大，新的顶点优先附加到已经良好连接的网站。 基于这两个因素的模型再现了观测到的稳态无标度分布，表明大型网络的发展受到超越个体系统特性的稳健自组织现象的支配。

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 == 研究领域 ==
+[[File:600px-Barabasi_albert_graph.png| 300px | thumb |right |[https://en.wikipedia.org/wiki/Barab%C3%A1si%E2%80%93Albert_model 通过Barabási–Albert算法产生的三个图]]]
 Albert与Albert-László Barabási共同创建了Barabási–Albert算法，该算法通过优先连接生成无标度随机图。