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系统生物学方法经常涉及机制模型的发展，比如从动态系统的基本构件的定量特性重建动态系统<ref name="dibernardo03" /><ref name="dibernardo05" /><ref name="dynamicmodel" />。例如，一个细胞网络可以进行数学建模<ref name=":0">{{Cite journal|last=Gupta|first=Ankur|last2=Rawlings|first2=James B.|date=April 2014|title=Comparison of Parameter Estimation Methods in Stochastic Chemical Kinetic Models: Examples in Systems Biology|journal=AIChE Journal|volume=60|issue=4|pages=1253–1268|doi=10.1002/aic.14409|issn=0001-1541|pmc=4946376|pmid=27429455}}</ref>，使用的方法来自化学动力学和控制理论。由于细胞网络中参数、变量和约束的数量庞大，系统生物学经常使用数值和如流平衡分析的计算技术。<ref name=dynamicmodel>{{cite book|last1=Tavassoly|first1=Iman|title=Dynamics of Cell Fate Decision Mediated by the Interplay of Autophagy and Apoptosis in Cancer Cells|date=2015|publisher=Springer International Publishing|isbn=978-3-319-14961-5|doi=10.1007/978-3-319-14962-2|series=Springer Theses}}</ref><ref name=":0" />

系统生物学方法经常涉及机制模型的发展，比如从动态系统的基本构件的定量特性重建动态系统<ref name="dibernardo03" /><ref name="dibernardo05" /><ref name="dynamicmodel" />。例如，一个细胞网络可以进行数学建模，使用的方法来自化学动力学和控制理论。由于细胞网络中参数、变量和约束的数量庞大，系统生物学经常使用数值和如流平衡分析的计算技术。<ref name=dynamicmodel>{{cite book|last1=Tavassoly|first1=Iman|title=Dynamics of Cell Fate Decision Mediated by the Interplay of Autophagy and Apoptosis in Cancer Cells|date=2015|publisher=Springer International Publishing|isbn=978-3-319-14961-5|doi=10.1007/978-3-319-14962-2|series=Springer Theses}}</ref><ref name=":0" />

== 生物信息学和数据分析==

== 生物信息学和数据分析==