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研究人员首先选择一条生物通路，绘制所有蛋白质相互作用的图表。确定了所有的蛋白质相互作用之后，使用符合质量作用定律的动力学来描述系统中反应的速率。质量作用定律动力学将提供微分方程，把生物系统模拟成一个数学模型，其中微分方程的参数可以由实验来确定。<ref>{{Cite journal|last=Chellaboina|first=V.|last2=Bhat|first2=S. P.|last3=Haddad|first3=W. M.|last4=Bernstein|first4=D. S.|date=August 2009|title=Modeling and analysis of mass-action kinetics|journal=IEEE Control Systems Magazine|volume=29|issue=4|pages=60–78|doi=10.1109/MCS.2009.932926|issn=1941-000X}}</ref>这些参数值是系统中每对蛋白质相互作用的反应速率。这个模型决定了生物系统中主要蛋白质的行为，并且为理解单个蛋白质的特殊行为提供了新的视角。当不能够收集一整个系统的所有反应速率时。可以通过模拟已知参数的模型并且提供可能参数值的目标行为，来确定未知的反应速率。<ref>{{Cite journal|last=Brown|first=Kevin S.|last2=Sethna|first2=James P.|date=2003-08-12|title=Statistical mechanical approaches to models with many poorly known parameters|journal=Physical Review E|volume=68|issue=2|pages=021904|doi=10.1103/physreve.68.021904|pmid=14525003|bibcode=2003PhRvE..68b1904B|issn=1063-651X}}</ref><ref name=":03" />

研究人员首先选择一条生物通路，绘制所有蛋白质相互作用的图表。确定了所有的蛋白质相互作用之后，使用符合质量作用定律的动力学来描述系统中反应的速率。质量作用定律动力学将提供微分方程，把生物系统模拟成一个数学模型，其中微分方程的参数可以由实验来确定。<ref>{{Cite journal|last=Chellaboina|first=V.|last2=Bhat|first2=S. P.|last3=Haddad|first3=W. M.|last4=Bernstein|first4=D. S.|date=August 2009|title=Modeling and analysis of mass-action kinetics|journal=IEEE Control Systems Magazine|volume=29|issue=4|pages=60–78|doi=10.1109/MCS.2009.932926|issn=1941-000X}}</ref>这些参数值是系统中每对蛋白质相互作用的反应速率。这个模型决定了生物系统中主要蛋白质的行为，并且为理解单个蛋白质的特殊行为提供了新的视角。当不能够收集一整个系统的所有反应速率时。可以通过模拟已知参数的模型并且提供可能参数值的目标行为，来确定未知的反应速率。<ref>{{Cite journal|last=Brown|first=Kevin S.|last2=Sethna|first2=James P.|date=2003-08-12|title=Statistical mechanical approaches to models with many poorly known parameters|journal=Physical Review E|volume=68|issue=2|pages=021904|doi=10.1103/physreve.68.021904|pmid=14525003|bibcode=2003PhRvE..68b1904B|issn=1063-651X}}</ref>