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在该文章中作者使用贪婪算法来构建宏观尺度的网络,然而对于大规模网络来说,效率仍然很低。随后,Griebenow等<ref>Griebenow R, Klein B, Hoel E. Finding the right scale of a network: efficient identification of causal emergence through spectral clustering[J]. arXiv preprint arXiv:190807565, 2019.</ref>提出了一种基于谱聚类的方法来识别偏好依附网络中的因果涌现。相比贪婪算法以及梯度下降算法,谱聚类算法的计算时间最少,同时找到的宏观网络的因果涌现也更加显著。
 
在该文章中作者使用贪婪算法来构建宏观尺度的网络,然而对于大规模网络来说,效率仍然很低。随后,Griebenow等<ref>Griebenow R, Klein B, Hoel E. Finding the right scale of a network: efficient identification of causal emergence through spectral clustering[J]. arXiv preprint arXiv:190807565, 2019.</ref>提出了一种基于谱聚类的方法来识别偏好依附网络中的因果涌现。相比贪婪算法以及梯度下降算法,谱聚类算法的计算时间最少,同时找到的宏观网络的因果涌现也更加显著。
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===在生物系统中的应用===
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===在生物系统上的应用===
 
生物网络中充满噪音使得很难理解其内部的运作原理,这种噪音一方面来自系统的固有噪音,另一方面是由于测量或观察引入的, Klein等<ref>Klein B, Swain A, Byrum T, et al. Exploring noise, degeneracy and determinism in biological networks with the einet package[J]. Methods in Ecology and Evolution, 2022, 13(4): 799-804.</ref>进一步探索了生物网络中的噪声、简并性和确定性三者之间的关系以及具体含义。例如,基因表达网络中的高度确定性关系可以理解为一个基因几乎肯定会导致另一个基因的表达。同时生物系统在进化过程中也普遍存在简并现象,这两个原因导致目前尚不清楚在何种尺度上分析生物系统才能最好地理解它们的功能。Klein等<ref>Klein B, Hoel E, Swain A, et al. Evolution and emergence: higher order information structure in protein interactomes across the tree of life[J]. Integrative Biology, 2021, 13(12): 283-294.</ref>分析了超过1800个物种的蛋白质相互作用网络,发现宏观尺度的网络具有更小的噪音和简并性,同时与不参与宏观尺度的节点相比,组成宏观尺度交互群中的节点更具有弹性。因此,生物网络为了适应进化的要求,需要演化成宏观尺度以提高确定性来增强网络的弹性以及提高信息传输的有效性。
 
生物网络中充满噪音使得很难理解其内部的运作原理,这种噪音一方面来自系统的固有噪音,另一方面是由于测量或观察引入的, Klein等<ref>Klein B, Swain A, Byrum T, et al. Exploring noise, degeneracy and determinism in biological networks with the einet package[J]. Methods in Ecology and Evolution, 2022, 13(4): 799-804.</ref>进一步探索了生物网络中的噪声、简并性和确定性三者之间的关系以及具体含义。例如,基因表达网络中的高度确定性关系可以理解为一个基因几乎肯定会导致另一个基因的表达。同时生物系统在进化过程中也普遍存在简并现象,这两个原因导致目前尚不清楚在何种尺度上分析生物系统才能最好地理解它们的功能。Klein等<ref>Klein B, Hoel E, Swain A, et al. Evolution and emergence: higher order information structure in protein interactomes across the tree of life[J]. Integrative Biology, 2021, 13(12): 283-294.</ref>分析了超过1800个物种的蛋白质相互作用网络,发现宏观尺度的网络具有更小的噪音和简并性,同时与不参与宏观尺度的节点相比,组成宏观尺度交互群中的节点更具有弹性。因此,生物网络为了适应进化的要求,需要演化成宏观尺度以提高确定性来增强网络的弹性以及提高信息传输的有效性。
  
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