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人们在20世纪六七十年代研究出几种研究复杂分子系统的方法，如代谢控制分析和生化系统理论。整个20世纪80年代分子生物学的成功，以及人们对理论生物学的怀疑，加之收获小于预期，使得生物过程的定量模拟成为一个日渐被轻视的领域。

人们在20世纪六七十年代研究出几种研究复杂分子系统的方法，如代谢控制分析和生化系统理论。整个20世纪80年代分子生物学的成功，以及人们对理论生物学的怀疑，加之收获小于预期，使得生物过程的定量模拟成为一个日渐被轻视的领域。

[[File:SystemsBiologyTrendsInMostCitedResearch.PNG|alt=Shows trends in systems biology research. From 1992 to 2013 Database development articles increased. Articles about algorithms have fluctuated but remained fairly steady. Network properties articles and software development articles have remained low but experienced an increased about halfway through the time period 1992-2013. The articles on Metabolic flux analysis decreased from 1992 to 2013.  In 1992 algorithms, equations, modeling and simulation articles were most cited. In 2012 the most cited were database development articles.|thumb|不同时间维度生物学论文中被引用频率前30的文章里各个主题的占比，显示了系统生物学研究的趋势。<ref>{{Cite journal|last1=Zou|first1=Yawen|last2=Laubichler|first2=Manfred D.|date=2018-07-25|title=From systems to biology: A computational analysis of the research articles on systems biology from 1992 to 2013|journal=PLOS ONE|language=en|volume=13|issue=7|pages=e0200929|doi=10.1371/journal.pone.0200929|issn=1932-6203|pmc=6059489|pmid=30044828|bibcode=2018PLoSO..1300929Z}}</ref>]]

 

[[File:SystemsBiologyTrendsInMostCitedResearch.PNG||thumb|不同时间维度生物学论文中被引用频率前30的文章里各个主题的占比，显示了系统生物学研究的趋势。<ref>{{Cite journal|last1=Zou|first1=Yawen|last2=Laubichler|first2=Manfred D.|date=2018-07-25|title=From systems to biology: A computational analysis of the research articles on systems biology from 1992 to 2013|journal=PLOS ONE|language=en|volume=13|issue=7|pages=e0200929|doi=10.1371/journal.pone.0200929|issn=1932-6203|pmc=6059489|pmid=30044828|bibcode=2018PLoSO..1300929Z}}</ref>]]

然而，20世纪90年代功能基因组学的诞生意味着人们可以得到大量高质量的数据，同时计算能力爆炸式增长，使得更真实的模型成为可能。1992年至1994年，曾斌撰写系列文章《论人体的全息模型》，第一届全国比较研究会议研究中医和西医，医学和哲学，1992年4月（“系统医学和药理学”称）。《转基因动物表达系统-转基因卵子计划》关于转基因动物的交流，第1卷，第11期；1994（关于系统遗传学和术语杜撰的概念）。曾斌，《自我组织结构理论》，《转基因动物的交流》，曾斌于1996年在中国出版了《系统医学、系统遗传学和系统生物工程》 ，并在北京举行的第一届国际转基因动物会议上作了关于生物系统理论和系统方法研究的演讲。1997年，富田正丸小组发表了第一个关于整个（假设的）细胞新陈代谢的定量模型。

然而，20世纪90年代功能基因组学的诞生意味着人们可以得到大量高质量的数据，同时计算能力爆炸式增长，使得更真实的模型成为可能。1992年至1994年，曾斌撰写系列文章《论人体的全息模型》，第一届全国比较研究会议研究中医和西医，医学和哲学，1992年4月（“系统医学和药理学”称）。《转基因动物表达系统-转基因卵子计划》关于转基因动物的交流，第1卷，第11期；1994（关于系统遗传学和术语杜撰的概念）。曾斌，《自我组织结构理论》，《转基因动物的交流》，曾斌于1996年在中国出版了《系统医学、系统遗传学和系统生物工程》 ，并在北京举行的第一届国际转基因动物会议上作了关于生物系统理论和系统方法研究的演讲。1997年，富田正丸小组发表了第一个关于整个（假设的）细胞新陈代谢的定量模型。