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作为一种研究范式，系统生物学通常被认为与所谓的还原论范式(生物组织)相对立，尽管它完全符合科学方法。以下几句话中提到了两种范式之间的区别: “还原论方法成功地确定了大多数组成部分和许多相互作用，但不幸的是，没有提供令人信服的概念或方法来理解系统特性是如何出现的... 通过多个组分同时进行定量测量”改为“通过观察多个分组同时进行的定量实验。”(Sauer 等人)“系统生物学...是合并而不是分解，是整合而不是简化。它要求我们建立起与我们的还原论方法一样严谨但不同的整合思维方式...这意味着彻底改变我们的哲学。”(丹尼斯 · 诺贝尔)<ref name="sauer07" /> "Systems biology&nbsp;... is about putting together rather than taking apart, integration rather than reduction. It requires that we develop ways of thinking about integration that are as rigorous as our reductionist programmes, but different.&nbsp;... It means changing our philosophy, in the full sense of the term." ([[Denis Noble]])<ref name="noble06" />

作为一种研究范式，系统生物学通常被认为与所谓的还原论范式(生物组织)相对立，尽管它完全符合科学方法。以下几句话中提到了两种范式之间的区别: “还原论方法成功地确定了大多数组成部分和许多相互作用，但不幸的是，没有提供令人信服的概念或方法来理解系统特性是如何出现的... 通过多个组分同时进行定量测量”改为“通过观察多个分组同时进行的定量实验。”(Sauer 等人)“系统生物学...是合并而不是分解，是整合而不是简化。它要求我们建立起与我们的还原论方法一样严谨但不同的整合思维方式...这意味着彻底改变我们的哲学。”(丹尼斯 · 诺贝尔)<ref name="sauer07" /> "<ref name="noble06" />