3,107
个编辑
更改
跳到导航
跳到搜索
第228行：
第228行： + + + + + + + + + + + +
→应用
==应用==
==应用==
===在生物网络上的应用===
进一步，Klein 等人将[[复杂网络中的因果涌现]]方法扩展到了更多的生物网络中。前文已经指出，[[生物网络]]具有更大的噪音，这使得我们很难理解其内部的运作原理，这种噪音一方面来自系统的固有噪音，另一方面是由于测量或观察引入的。Klein 等<ref>Klein B, Swain A, Byrum T, et al. Exploring noise, degeneracy and determinism in biological networks with the einet package[J]. Methods in Ecology and Evolution, 2022, 13(4): 799-804.</ref>进一步探索了生物网络中的噪声、[[简并性]]和[[确定性]]三者之间的关系以及具体含义，得出了一些有趣的结论。
例如，基因表达网络中的高[[确定性]]可以理解为一个基因几乎肯定会导致另一个基因的表达。同时生物系统在进化过程中也普遍存在高[[简并性]]现象。这两个因素共同导致，目前人们尚不清楚应该在何种尺度上分析生物系统才能更好理解它们的功能。Klein 等<ref>Klein B, Hoel E, Swain A, et al. Evolution and emergence: higher order information structure in protein interactomes across the tree of life[J]. Integrative Biology, 2021, 13(12): 283-294.</ref>分析了超过 1800 个物种的[[蛋白质相互作用网络]]，发现宏观尺度的网络具有更小的噪音和[[简并性]]，同时与不参与宏观尺度的节点相比，组成宏观尺度网络中的节点更具有弹性。因此，生物网络为了适应进化的要求，需要演化出宏观尺度以提高确定性来增强[[网络弹性]]以及提高信息传输的有效性。
Hoel 等在文章<ref>Hoel E, Levin M. Emergence of informative higher scales in biological systems: a computational toolkit for optimal prediction and control[J]. Communicative & Integrative Biology, 2020, 13(1): 108-118.</ref>中借助[[有效信息]]理论进一步研究了生物系统中的因果涌现。作者将有效信息应用到[[基因调控网络]]上，以识别最能提供信息的心脏发育模型从而控制哺乳动物的心脏发育。通过量化酿酒酵母基因网络的[[最大联通集团]]中的因果涌现，文章揭示了富有信息的宏观尺度在生物学中是普遍存在的，以及生命机制本身也经常运行在宏观尺度上。该文章也为生物学家提供了一种可计算的工具来识别最具有信息的宏观尺度，并且可以在此基础上建模、预测、控制和理解复杂的生物系统。
Swain 等在文章<ref>Swain A, Williams S D, Di Felice L J, et al. Interactions and information: exploring task allocation in ant colonies using network analysis[J]. Animal Behaviour, 2022, 18969-81.</ref>中探索了蚁群的交互历史对任务分配和任务切换的影响，使用有效信息研究噪声如何在蚂蚁之间传播。结果发现，蚁群之间历史交互程度影响任务的分配，并且具体交互中蚂蚁群体的类型决定了交互中的噪音。此外，即使当蚂蚁切换功能群时，蚁群涌现出来的凝聚力也能保证群体的稳定，同时不同功能蚁群在维持蚁群凝聚力方面也发挥着不同的作用。
==代码==
==代码==