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==网络生物学和生物信息学==

==网络生物学和生物信息学==

复杂的生物系统能用可运算网络来表示和分析。例如，生态系统可以被模拟为相互作用的物种网络，一个蛋白质可以被模拟为氨基酸网络。如果进一步分解蛋白质，氨基酸还可以表示为一个由相互连接的原子构成的网络，例如碳、氮和氧。[[节点]]和[[边]]是网络的基本组成部分。节点表示网络中的单元，边表示单元之间的相互作用。节点可以代表广泛的生物单元——从单个的生物体到大脑中单个的神经元。网络的两个重要性质是[[度]]和[[介数中心性]]。度（或连通性，并非[[图论]]中所使用的）是连接一个节点的边的数量，而介数中心性是衡量一个顶点在网络中有多么靠近中心位置<ref name="Proulx">{{cite journal |author= Proulx, S.R. |title= Network thinking in ecology and evolution |journal= Trends in Ecology and Evolution |year= 2005  |volume= 20 |issue= 6 |pages= 345–353 |doi=10.1016/j.tree.2005.04.004 |pmid=16701391|display-authors=etal}}</ref>。本质上，具有高介数的节点充当的是网络不同部分之间的桥梁（即网络各个部分的交互必须通过这个节点发生）。在社会网络中，具有较高度值和较高介数的节点可以在网络的整体组成中发挥重要作用。

复杂的生物系统能用可运算网络来表示和分析。例如，生态系统可以被模拟为相互作用的物种网络，一个蛋白质可以被模拟为氨基酸网络。如果进一步分解蛋白质，氨基酸还可以表示为一个由相互连接的原子构成的网络，例如碳、氮和氧。节点和边是网络的基本组成部分。节点表示网络中的单元，边表示单元之间的相互作用。节点可以代表广泛的生物单元——从单个的生物体到大脑中单个的神经元。网络的两个重要性质是[[度]]和[[介数中心性]]。度（或连通性，并非[[图论]]中所使用的）是连接一个节点的边的数量，而介数中心性是衡量一个顶点在网络中有多么靠近中心位置<ref name="Proulx">{{cite journal |author= Proulx, S.R. |title= Network thinking in ecology and evolution |journal= Trends in Ecology and Evolution |year= 2005  |volume= 20 |issue= 6 |pages= 345–353 |doi=10.1016/j.tree.2005.04.004 |pmid=16701391|display-authors=etal}}</ref>。本质上，具有高介数的节点充当的是网络不同部分之间的桥梁（即网络各个部分的交互必须通过这个节点发生）。在社会网络中，具有较高度值和较高介数的节点可以在网络的整体组成中发挥重要作用。

生物信息学已逐渐将关注点从单个基因、蛋白质和搜索算法转移到像生物组、交互组、基因组和蛋白组这样的大规模网络。这些理论研究揭示了生物网络与其他网络——如互联网或社交网络——有许多共同特征，例如他们的[[网络拓扑结构]]。

生物信息学已逐渐将关注点从单个基因、蛋白质和搜索算法转移到像生物组、交互组、基因组和蛋白组这样的大规模网络。这些理论研究揭示了生物网络与其他网络——如互联网或社交网络——有许多共同特征，例如他们的[[网络拓扑结构]]。

==生物学中的网络==

==生物学中的网络==